Ze względu na swoje właściwości chemiczne budezonid działa głównie na błonę śluzową przełyku, a jego wpływ na cały organizm jest niewielki. W związku z tym klasyczne skutki uboczne kortykosteroidów obserwowano jedynie ze znacznie mniejszą częstotliwością i nie w takim samym nasileniu. Jak w przypadku każdej terapii, podczas leczenia budezonidem mogą jednak wystąpić działania niepożądane. W związku z tym podczas badania pacjent będzie ściśle monitorowany, aby wszelkie występujące działania niepożądane mogły być szybko leczone.
